Наукова бібліотека Харківського національного медичного університету (НБ ХНМУ) створена у 1920 р. (6 штатних одиниць), коли медичний факультет Імператорського харківського університету було виокремлено в самостійний вищий навчальний заклад – Харківську медичну академію. З 1921 р. – Харківський медичний інститут (ХМІ). Основою формування фондів НБ стали зібрання кафедральних бібліотек медичного факультету університету, особисті зібрання праць професорів і «Книжкова лавка» – невеличка бібліотека, створена на громадських засадах з ініціативи студентів факультету.
Бібліотека інтенсивно розвивалася: фонди, крім навчальної, поповнювалися науковою літературою з медицини і суміжних наук, передплачувалися періодичні видання. З 1923 р. надходила іноземна література. Бібліотека розташовувалася у Хімічному корпусі ХМІ, мала просторе приміщення з читальним залом на 70 місць, крім студентів, обслуговувалися і викладачі. Розпочато ведення каталогів, облік літератури, складання рекомендаційних списків літератури, організацію бібліографічних оглядів, зустрічей з видатними вченими-медиками.
У 1935 р. Харківська вища медична школа відзначила 125-літній ювілей. ХМІ перетворився на багатофакультетний медичний вищий навчальний заклад. Фонд бібліотеки на той час складав 54 тис. прим. Загальна площа приміщення становила 320 кв. м з читальним залом на 100 місць. У 1937 р. бібліотека була розділена на навчальну (вул. Трінклера, 12) і наукову (Гістологічний корпус, вул. Сумська, 41), обидві із самостійним бюджетом і завідувачем.
Напередодні Другої світової війни бібліотека ХМІ інтенсивно поповнювалася новою літературою, в тому числі іноземними мовами, передплачувалися усі вітчизняні періодичні видання медичної тематики. Фонд бібліотеки нараховував 180 тисяч документів. Тимчасова окупація Харкова завдала величезної шкоди місту. ХМІ був евакуйований до м. Чкалов (нині Оренбург, РФ) з частиною фондів бібліотеки. Незначну частину фондів наукової і навчальної бібліотек вдалося зберегти, але більшість фондів, каталогів та оснащення знищила війна. Навчальна та наукова бібліотеки були об’єднані в одну.
Після визволення Харкова, у серпні 1943 р., розпочалося упорядкування уцілілих фондів, що тривало до травня 1946 р., проте, часткове обслуговування студентів здійснювалося з кінця 1943 р. У наступні роки особливу увагу було приділено відновленню предметного каталогу, а також складанню алфавітного каталогу книг. Штат збільшився до 15 осіб. Бібліотека розташовувалась у навчальному корпусі на вул. Сумській, 1.
1955 рік був ювілейним для інституту. Було організовано розширену виставку праць учених медичного факультету університету, окремий стенд присвячувався діяльності бібліотеки. У 1957 р. в читальному залі гуртожитку (вул. Весніна, 14) вперше було проведено читацьку конференцію, присвячену роботі бібліотеки. Наприкінці 1950 – на початку 1960-х років у читальних залах студентських гуртожитків проводилися диспути, зустрічі з письменниками. Це були роки, насичені ідеологічною пропагандою, проводилася агітаційна робота. Фонд бібліотеки становив 344 тис. прим., було створено топографічний каталог. Велика увага приділялася наповненню та редагуванню предметного каталогу. Активізувалася масова та інформаційна робота, проводилися Дні інформації, видавалися бюлетені нових надходжень. У цей час структура бібліотеки складалася з трьох відділів: комплектування і наукової обробки літератури, обслуговування і книгозбереження та довідково-бібліографічного.
Наприкінці 1970-х років бібліотеку переведено в корпус «Б» по проспекту Леніна, 4 (нині проспект Науки). Фонди інтенсивно поповнювалися, що потребувало додаткових площ. Було введено в експлуатацію двоповерхове книгосховище з відповідним оснащенням. Студенти обслуговувалися в непростих умовах – усі придатні приміщення використовувалися для розміщення навчальної літератури, викладачі, аспіранти, науковці обслуговувалися в читальному залі (нині конференц-зал університету).
1980 роки: фонд соціально-економічної літератури і каталог були модернізовані згідно з класифікаційною системою ББК. Тривало редагування предметного каталогу. Збільшився штат бібліотеки (до 32 осіб), змінилася структура бібліотеки. У 1985 р. фонд НБ ХНМУ налічував 600 тис. прим. та інтенсивно поповнювався. Було виділено відділ збереження фондів; організовано читальний зал з відкритим доступом до фонду, пізніше реорганізований в зал гуманітарної підготовки.
У 1990-х роках в НБ ХНМУ першій серед книгозбірень вищих навчальних закладів Харківського регіону розпочався процес комп’ютеризації (з одного ПК і програми «MARK» у 1991 р.). Значно розширилася структура – з введенням в експлуатацію в 1993 р. навчально-лабораторного корпусу було виділено відділ обслуговування навчальною літературою, організовано два абонементи з обслуговування студентів молодших і старших курсів, два читальні зали. У корпусі «Б» на звільнених площах створено читальний зал наукової літератури, організовано абонемент художньої літератури.
У 1996 р. створено відділ іноземної літератури. Відкрито новий читальний зал періодичних видань з медичних наук, з 2011 р. – це абонемент з читальним залом з обслуговування студентів, які навчаються англійською мовою – «Library for English Medium Students».
Харківський медичний інститут у 1994 р. одержав статус університету, а у 2007 р. став національним, у 2008 р. бібліотека отримала назву «Наукова бібліотека Харківського національного медичного університету». З 1998 р. ХНМУ – член міжнародної асоціації університетів під егідою ЮНЕСКО, НБ розвивається разом з ним.
Сьогодні фонд бібліотеки нараховує 1 млн документів: дисертації, захищені в університеті з дня його заснування, монографії, збірники праць, підручники і навчальні посібники вчених університету, дореволюційні видання, наукові видання вітчизняних і зарубіжних авторів, періодичні інформаційні видання, соціально-економічна і художня література.
Структура НБ ХНМУ: 8 відділів, 9 секторів, розгалужена мережа пунктів обслуговування користувачів, 57 штатних одиниць. Щороку на 5 абонементах і в 11 читальних залах обслуговується понад 25 тис. користувачів, яким видається понад 600 тисяч документів. У бібліотеці активно впроваджуються сучасні інформаційні технології, діють читальні зали електронної інформації для студентів і науковців, зона Wi-Fi; через web-сайт надається доступ до власних і світових інформаційних ресурсів.
Е-колекція праць університету представлена у репозитарії ХНМУ (http://repo.knmu.edu.ua), який функціонує з 2011 р. і щороку поповнюється на 3 тис. документів.
Вивчення фонду рідкісних та цінних видань набуло нового напряму – розпочалася оцифровка з метою збереження видань та надання користувачам вільного доступу до їх електронних копій. НБ ХНМУ представлена власними сторінками у соціальних мережах. З 2014 р. видається щомісячний електронний бюлетень «Библиотерапевт» (http://libr.knmu.edu.ua/index.php/biblioterapevt-2017), представлений на сайті НБ ХНМУ (http://libr.knmu.edu.ua). 2015 рік – ювілейний для ХНМУ(210 років), науковій бібліотеці – 95 років, в ознаменування цієї дати створено власний логотип НБ.
У різні роки бібліотеку очолювали:
- З 1920 р. по 1931 р. – Левін Марко Миронович (Меєрович) перший завідувач бібліотеки, випускник ХМІ, у подальшому професор, завідувач кафедри хірургії ХМІ (1939–1968).
- З 1932 р. – Калита Ганна Іванівна, лікар за фахом, випускниця Паризького університету. Після розділення бібліотек у 1937 р. на навчальну і наукову Г. І. Калита завідувала навчальною бібліотекою, а Френкель Марія Євнівна, фармацевт за освітою – науковою бібліотекою і продовжувала керувати після об’єднання і до 1951 р.
- З 1951 р. по 1954 р. – Тєрьошкін Віктор Олексійович, асистент кафедри історії медицини ХМІ.
- З 1954 р. по 1959 р. – Федорова Марія Костянтинівна – бібліотекар за фахом.
- З 1959 р. по 1966 р. – Скляров Петро Петрович, військовий у відставці.
- З 1966 р. по 1985 р. – Фоміна Світлана Юхимівна, бібліотекар за фахом.
- З 1985 р. по 2011 р. – Іванова Ізабелла Шакирівна, бібліотекар за фахом, висококваліфікований, відданий справі спеціаліст, талановитий керівник, організатор бібліотечної справи.
- З 2011 р. – Киричок Ірина Василівна, бібліотекар за фахом, спеціаліст високої кваліфікації.